מחלקת החינוך של בקעת הירדן אחראית ומטפלת בכלל הילדים הלומדים במוסדות החינוך הרשמיים מגיל שלוש ועד גיל שמונה עשרה.
מחלקת החינוך מעניקה שירותים לתושבים בדרך מקצועית אמינה ומהירה.
בכבוד אדיבות והגינות תוך הקפדה על זכויותיו של מקבל השרות.
המחלקה אחראית על גני הילדים ברמת אחזקה, כוח אדם שיבוץ והשמה של הילדים.
המחלקה אחראית על בתי הספר שבתחומה,"גפנים" ו"תמר" ושותפה בניהול התיכון האזורי "ירדן" השוכן במעלה אפרים ומסייעת בכל אשר נדרש. המחלקה פועלת בשיתוף פעולה עם מוסדות אלו ומהווה מרכז תמיכה וסיוע בתחומים מגוונים .
המחלקה אחראית על קיום והוצאה לפועל של נהלי משרד החינוך כגון קיום בתי הספר בחופשות.
המחלקה אחראית על קביעת זכאות לילדים הזקוקים לחינוך מיוחד ולהשמתם במסגרות מתאימות.

כוח אדם במחלקה:
במחלקה מנהל, רכזת גנים, ושתי מזכירות המרכזות את תחומי ההסעות, החינוך המיוחד וכח אדם.
קבסי"ת –הממונה על ביקור סדיר של ילדי הבקעה.
בנוסף אחראית המחלקה על כלל עובדי המנהלה והסיוע בבתי הספר וגני הילדים, במהלך השנה ובחופשות.

מטרות המחלקה הם:

1. קידום מתמיד ושאיפה למצוינות של מוסדות החינוך בדגש על חינוך ערכי     ציוני ואיכותי. המחלקה פועלת בשיתוף פעולה מעקב ובקרה על מוסדות החינוך שברשות. המחלקה שותפה בהובלת תכנים ערכיים ולימודיים יחד  עם מנהלי בתי הספר, הגננות ומנגנוני הפיקוח של משרד החינוך. מעניקה תמיכה וליווי למוסדות החינוך השונים.
2. מתן מענה הולם ומיטבי לכל ילד מגיל שלוש, על פי אמונתו השקפת עולמו וצרכיו המיוחדים.

3. פתיחת צהרונים בגנים ובתי הספר שיאפשרו מתן פתרון מיטבי להורים עובדים.
4. יצירת קשרים משמעותיים עם מוסדות החינוך מחוץ לבקעה שבהם  לומדים  תלמידי החינוך המיוחד.
5. המשך ביסוס מערכות חינוך קיימות, תוך התאמתם למציאות המשתנה בישובים .(בנית גנים חדשים והמשך בינוי והתאמת מבנים לצרכים הגדלים בבתי הספר)
6. קיום קווי הסעות למוסדות החינוך בדרך מיטבית הן לתלמידים והן לעובדים.
למחלקת חינוך ממשקים הדוקים עם כל מחלקות המועצה: רווחה, כ"א, ביטחון, תחזוקה, גזברות הנדסה וכמובן מחלקת היסעים.
המחלקה עובדת בשיתוף פעולה עם מחוז ירושלים, המנהל לחינוך התיישבותי, מתיא מעלה והר, והפסגה במעלה אדומים.
בכל גני הבקעה ובבית ספר תמר פועלת תכנית מיל"ת.(מסגרת לימודים תוספתית)
בבית הספר גפנים ובגני הבקעה פועלת תכנית קרב. (תכנית העשרה).