הישוב בקעות, עלה ביום ט"ז תמוז תשל"ב , 28 ביוני 1972 כישוב אזרחי המשתייך לתנועת האיחוד החקלאי.
בתחילת דרכו נקרא בשם בוקע. שם זה מציין את המבנה הטופוגרפי של האזור - הבוקיעה הצפוני, היא הבקעה המשתרעת בין. הר טמון מדרום-מערב והר אדיר מצפון-מזרח ומכיוון שהשטח בבקעה התחתונה מארגמן וצפונה, הוא סלעי ואינו מתאים להתיישבות חקלאית, הוחלט על הקמת הישוב באזור הבוקיעה, כדי להמשיך ולקיים את הרצף ההתיישבותי שיחצוץ בין הישוב הערבי שממערב ובין קו המים ונהר הירדן.
תחילה התנהל כמושב שיתופי ורק בתחילת 1975, שונתה צורת ההתנהלות והישוב היה למושב עובדים. משנת 1990 , שונתה דרך התנהלות המושב . תרמה לכך, ההחלטה על נתינת עצמאות כלכלית לחברים , וניהול משקם באופן עצמאי והאגודה לקחה על עצמה את ניהול שטחי הגידול המשותפים ובהם; שלוש מאות דונם כרם, שמונה מאות דונם תמרים, וכן שותפות עם מושב ארגמן של 300 דונם כרמים ו כ- 500 דונם תמרים באזור ביצת ארגמן, כמו כן שותפות של 100 דונם בזיליקום בשותפות עם מושב רועי , התרחבות זו חייבה את המושב להקים בית אריזה גדול הממיין לישוב את כל התוצרת החקלאית וכן מעניק שירותי מיון ואריזה לחקלאים ולישובים נוספים.
מאז ומתמיד קלטנו בישוב את הבנים והבנות שחזרו למושב להקים בו את ביתם, חלקם שולבו בעבודה בענפים המשותפים ובתחומים נוספים בישוב פועל מעון יום, פעלטון, גני משחקים, מועדון חברים , מועדון נוער עם פעילות שוטפת, כמו כן שטחי נוי, בריכת שחיה הפועלת בימי הקיץ לרווחת התושבים והסביבה (ישובי רותם חמדת ומשכיות וכן חיילים מהבסיסים הקרובים).
בישוב רכזת קהילה , שמתפקידה לדאוג לצרכי הקהילה מבחינה חברתית הכולל פעילות מגוונת מספר המשפחות בישוב מונה היום 68 משפחות - רובם חברי האגודה החקלאית וחלקם תושבים המתגוררים במקום , גם הם בנים שניים למשפחות הישוב שהחליטו להקים את ביתם בבקעות.
לרווחת התושבים פועלים במקום;צרכניה, בית כנסת ומרפאה איזורית וכן מוסך פרטי. כמחצית מתושבי בקעות עוסקים בחקלאות , בעיקר גידול ענבי מאכל בשטחים פתוחים ובחיפוי יתר התושבים עובדים כעצמאים או כשכירים במועצה האזורית ובבתי הספר האזורים והן מחוץ לבקעה בהייטק ובמשרות שונות.
בבקעות מארגנים ומציינים את מועדי וחגי ישראל , בבילוי משותף במועדון
החברים, וניתן לראות שלושה דורות, מבלים יחד. בהרמוניה, במושב שדואג
לרווחת כולם ובהצלחה. שנמשיך ונתעצם ונהנה מקציר עמלנו לטובה.